Los que mediante la intervención del hombre son alterados en su composición, más allá de la consecuencia directa de las diferentes técnicas de cocción. No se incluyen en este grupo las técnicas de conservación, salado, ahumado, etc.
Pueden ser modificados durante la etapa de producción animal o vegetal o durante la etapa de manipulación, industrialización o envasado. En suma se obtienen con aplicación de tecnología, sea esta elemental o muy desarrollada.
Los probióticos son un ejemplo, ya que se utilizan microorganismos para transformar, por ejemplo, leche y derivados, en productos con una actividad que podría considerarse medicinal, la normalización de algunas funciones digestivas y el incremento de las defensas generales del organismo, mediante un estímulo del sistema inmunitario.
Un ejemplo muy especial y bastante sencillo es el que se ha demostrado con la micronización de la pulpa de naranjas y otras frutas. La existencia de partículas más pequeñas de fibra, permite a este alimento actuar con más potencia en el descenso del colesterol sanguíneo.
Una de las modificaciones actuales más trascendentes es la modificación genética que se está realizando en vegetales, por la que las especies "transgénicas" adquieren propiedades nuevas, diferentes de las de las especies originales. Uno de los objetivos es hacer a estas especies más resistentes frente a enfermedades de dichos cultivos. El logro de cultivos más productivos, es decir que logren una mayor cantidad de alimento por unidad de superficie cultivada, es otro de los objetivos y uno adicional, aún en sus comienzos, el lograr alimentos o componentes de ellos que sean beneficiosos para la salud.
La manipulación genética también se está realizando en animales y toda la discusión de los beneficios o inconvenientes de estas técnicas, está mezclada con intereses comerciales, por lo que es muy difícil encontrar un punto de equilibrio.
El agregado de aditivos y conservantes es también una modificación, aunque aún más separada de la idea original al tratar este tema.
Existe una importante discusión sobre la diferencia entre utilizar alimentos transformados o utilizar alimentos naturales.
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